Аниме "Исчезнувший город" рассказывает о загадочном исчезновении маленького городка, где жители постепенно забывают друг о друге. Главная героиня, школьница Мия, пытается разгадать тайну и вернуть пропавших людей. На ее пути встречаются странные существа и загадочные артефакты, раскрывающие страшную правду об исчезнувшем месте.